政府が財政運営を行う場合、経常的経費をまかなう一般会計以外に特別会計予算を作成する。同会計は特定の財源を特定の使途と結びつけるかたちで運営されており、「道路整備特別会計」「食料管理特別会計」「保険特別会計」「国債整理基金特別会計」など31の会計から構成されている。特定の財源と支出とリンクさせることは予算原則上禁止されており（ノンアフェクタシオンの原則）、さらに、各会計の予算執行は所轄官庁によって管理されているため一般会計とは異なって議会のコントロールが及びにくい。このように、特別会計は財政民主主義の観点から多くの問題を抱えている。